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The chloroplast genome of Amygdalus L.(Rosaceae) reveals the phylogenetic relationship and divergence time

2021年09月09日    段义忠/杨焱勋      阅读次数:[]

近日,国际著名期刊BMC Geneious(中科院分区为2区,IF=3.969)在线发表题为“The chloroplast genome of Amygdalus L. (Rosaceae) reveals the phylogenetic relationship and divergence time”的研究论文。该文阐述了12个桃属物种叶绿体基因组特征、系统发育及分化时间。

2018届本科生杜忠毓(现为中国林业科学研究院在读博士)和2019级硕士研究生鲁客为共同第一作者,榆林学院为第一单位,段义忠教授为通讯作者。史建国教授、贺一鸣博士、柴乖强博士等参与了工作。研究得到了国家自然科学基金、榆林高新区科技局项目、榆林学院博士启动项目和榆林产学研合作项目资助。

有限的遗传信息极大地阻碍了我们对桃属系统发育和分化时间的理解。本研究首次报道了桃属物种的叶绿体基因组序列、系统发育和分化时间,阐明了桃属种群分化时间和系统发育关系。本研究结果表明:(1)桃属物种的四分体结构大小范围为157,736bp(甘肃扁桃)~158,971bp(山桃),一对反向重复区(IRA/IRB)大小范围为26,137~26,467bp,一个大的单拷贝区大小范围为85,757~86,608bp,一个小的单拷贝区范围为19,020~19,133 bp。(2)12个物种叶绿体全基因组的平均GC含量为36.80%,桃属物种基因组序列高度保守。(3)叶绿体全基因组序列的分歧时间分析表明,桃属物种分化时间约为15.65 Mya。


论文链接https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-021-07968-6



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